《看门狗2》将游戏设定在距离《看门狗》故事发生之后,ctOS由1.0升级成为2.0,同时也获得了许多功能。然而,ctOS并不是像宣传的那样单纯只是为市民服务,它被不法公司,团体和个人用来监视市民,收集并出售他们个人的数据,操纵选举和扰乱社会秩序等等。游戏需要玩家跟随主人公一点一点进入《看门狗2》的庞大电子世界,揭开并粉碎敌人的阴谋。
《看门狗2》的总监表示,游戏开发团队想在这一作上尝试一些新的点子,比如位于旧金山的游戏场景,整体色调更鲜活明亮,再搭配故事的主题、建筑风格、网络世界以及先进科技。在这样的架构中,故事风格不适合艾登‧皮尔斯,因此让马可仕担任主角来叙述故事是很合适的。