住在小匙镇的主角在隔壁学姐妮莫的带领下前往学院上学时，突然遇到了掉到海边的神秘宝可梦，而之后又遇到了将那只神秘宝可梦托付给主角的学长派帕。在学校生活期间，主角先被妮莫怂恿去挑战道馆馆主和宝可梦联盟。之后，派帕又因为翻阅了书籍得知了传说中的调味料的秘密，去请求主角帮助他打倒宝主宝可梦以获取传说中的调味料。其间，主角还接到了一名称为“仙后”的神秘人物的来电，那个自称“仙后”的人要求主角参加瓦解学校的麻烦集团天星队的“星尘大作战”。就当主角犹豫于这些请求的时候，在第零区进行研究的博士也突然联系到校长克拉韦尔，主角也得知那只神秘宝可梦是来自第零区的宝可梦。博士希望主角能照顾好它，但却始终未直接出现于主角面前。几天后，学院也开始了著名的课外活动，校长称这一活动的主题是“寻宝”，所有的学生可以去自由的寻找自己心目中的“宝物”，但绝对禁止接近帕底亚巨坑——因为那里只有研究人员可以进入。于是，主角和那只神秘宝可梦一起，沿着自己的梦想在帕底亚地区完成各个人物托付的任务。但在传说中的调味料收集完毕后，博士却突然邀请主角前往第零区寻找“宝物”，而派帕也为了寻找自己长期不露面的家人而决定拉上主角的几名同学一同前往巨坑，但是随着众人到达第零区，“宝物”的秘密才被揭开，而博士从不露面的原因，却来自一个更加残酷的事实……